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On this page, GENE INFORMATION displays basic Information about the Gene ID being queried, including the chromosome location, starting and ending locations, plus or minus chain Information, and swissprot functional annotations. In addition, the CDS sequence, protein sequence and promoter sequence of the gene are also shown, and download links are provided.

Gene Information

GeneID	Chromosome	Start	End	strand	Descript
LITCHI022509	Chr10	6612407	6616573	-	Serine/threonine-protein kinase AFC2

Conserved Domain

Gene ID	Start	End	Accession	Domain	Type	Bit Score	E-value
LITCHI022509.m1	99	426	PF00069.28	Pkinase	Domain	169.4	1.10E-49
LITCHI022509.m1	100	337	PF07714.20	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	78.1	6.80E-22
LITCHI022509.m2	1	322	PF00069.28	Pkinase	Domain	165.5	1.60E-48
LITCHI022509.m2	1	232	PF07714.20	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	75.1	5.50E-21
LITCHI022509.m3	12	339	PF00069.28	Pkinase	Domain	170.5	4.70E-50
LITCHI022509.m3	13	249	PF07714.20	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	79	3.70E-22
LITCHI022509.m4	12	253	PF00069.28	Pkinase	Domain	148.9	1.90E-43
LITCHI022509.m4	13	250	PF07714.20	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	79.4	2.70E-22
LITCHI022509.m5	1	216	PF00069.28	Pkinase	Domain	131.8	3.10E-38
LITCHI022509.m5	1	217	PF07714.20	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	73.2	2.10E-20

CDS sequence

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>LITCHI022509.m1
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ATGATAGAAATTGAAGTTCTGCAGCAACTTGGCAAACATGATAAAGGTGGCAACCGTTGT
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GGACCAAGCTTATACGATTTTCTACGGAAAAACAATTATCGCTCATTTCCCATTGATCTT
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ATTAAGGTGATTGATTTTGGTAGCACAACTTATGAGCGTCAAGATCAGAACTACATTGTA
TCAACACGACATTACCGTGCACCAGAAGTCATTCTTGGACTTGGGTGGAGTTATCCTTGT
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GGGGATCATTTAAGAAGATAA
>LITCHI022509.m4
ATGTTTGCGCTTGGAGATAATTTAACTTCTCGCTATAAAATCCACAGCAAAATGGGTGAA
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GACTATCGTAACCATATCTGTATTGTCTTTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTATACGATTTT
CTACGGAAAAACAATTATCGCTCATTTCCCATTGATCTTGTCCGTGAGATTGGCAGACAA
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>LITCHI022509.m1
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GGACCAAGCTTATACGATTTTCTACGGAAAAACAATTATCGCTCATTTCCCATTGATCTT
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CCCCTGCCACAGCATATGTTGAAGAGAACAGACCGCCATGCAGAAAAGTATGTTAGAAGG
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CTCAGGCATCCATTCTTTACTGGGGATCATTTAAGAAGATAA
>LITCHI022509.m2
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AACTGGTTTGACTATCGTAACCATATCTGTATTGTCTTTGAGAAGCTTGGACCAAGCTTA
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GGCAGACAACTGTTGGAATGTGTAGCATTCATGCATGATTTGTGCTTGATTCATACTGAT
TTGAAGCCTGAGAATATCCTCTTAGTTTCTCCAGAATATGTTAAAGTTCCTGATTACAAG
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TTCTTTACTGGGGATCATTTAAGAAGATAA
>LITCHI022509.m3
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GGGGATCATTTAAGAAGATAA
>LITCHI022509.m4
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GGCAGACAACTGTTGGAATGTGTAGCATTCATGCATGATTTGTGCTTGATTCATACTGAT
TTGAAGCCTGAGAATATCCTCTTAGTTTCTCCAGAATATGTTAAAGTTCCTGATTACAAG
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ATTAAGGTGATTGATTTTGGTAGCACAACTTATGAGCGTCAAGATCAGAACTACATTGTA
TCAACACGACATTACCGTGCACCAGAAGTCATTCTTGGACTTGGGTGGAGTTATCCTTGT
GATGTATGGAGTGTCGGTTGTATCTTGGTGGAGTTATGCACGGTATGTTCAATGTGTATA
TGTTTTGAGTTATTTTTGGGTGTGGTGCATAATGTCTTTGAGATTGAAGATCTTTATCTG
AGCTCGTCAAAATTAACATAG

Protein sequence

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>LITCHI022509.m1
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SSSKLT.

mRNA sequence

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>LITCHI022509.m3
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TGTTAATATAAGTAGGTCAGGTTTGTTTTATTAAAAGCTTATTTTTTCCGATGCTCAGAT
CTGAAATATCTGTCTGATTTTTTTTTCTTTTCTGTTGAATTATATATATGTATATAATTT
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GAAGATTATGGCCTTTTGTTATTTTTAATGTTGATTTGTATTTTTAATATTGATATTTAC
ATATGGATTCTTGAATCTAAAGAAGTCTTTTTTCTTGTGTTAAAAAAATATTTTGCACCG
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ATCAAGAAGTATCGTGAAGCTGCTATGATAGAAATTGAAGTTCTGCAGCAACTTGGCAAA
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>LITCHI022509.m4
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>LITCHI022509.m1
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>LITCHI022509.m5 -  Up_Stream_Len 2000
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>LITCHI022509.m2 -  Up_Stream_Len 2000
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>LITCHI022509.m5 -  Up_Stream_Len 2000
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>LITCHI022509.m4 -  Up_Stream_Len 2000
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>LITCHI022509.m3 -  Up_Stream_Len 2000
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ATGACAAAGATGGCCATTAC

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>LITCHI022509.m1 GenomeSequence - 
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>LITCHI022509.m5 GenomeSequence - 
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CTTTTCTAAATCCGTTCAATCCTTTGG
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CTTTTCTAAATCCGTTCAATCCTTTGG
>LITCHI022509.m3 GenomeSequence - 
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CTTTTCTAAATCCGTTCAATCCTTTGG

>LITCHI022509.m2 GenomeSequence - 
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>LITCHI022509.m1 GenomeSequence - 
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CTTTTCTAAATCCGTTCAATCCTTTGG
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CTTTTCTAAATCCGTTCAATCCTTTGG
>LITCHI022509.m4 GenomeSequence - 
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>LITCHI022509.m3 GenomeSequence - 
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ACGATTTTCTACGGAAAAACAATTATCGCTCATTTCCCATTGATCTTGTCCGTGAGATTG
GCAGACAACTGTTGGAATGTGTAGCATGTATAGTAATTACTTAAGCTAGTTTCTTTTCAT
CCATCTTATATGTTGTTTTTCTTTTCGTAACTTTGTTTTGTTAGTTATAATAGCTTATAC
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CCCGTCTTCAGGTTTGTAGTATGTTGAAAGTTGTTATGCCCAATACAAAGTTCTGTTTGT
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